เพื่อให้การดำเนินโครงการพระสอนศีลธรรมในโรงเรียน มีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล บรรลุวัตถุประสงค์และนโยบายของมหาวิทยาลัย คณะกรรมการอำนวยการโครงการฯ มีมติให้กระจายภาระงานประกอบด้วย การสรรหาพระสอนศีลธรรม การบริหารงบประมาณที่ได้รับจัดสรร และปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามนโยบายของส่วนกลาง ให้หน่วยจัดการศึกษาของมหาวิทยาลัยในระดับภูมิภาค ช่วยรับไปดำเนินการในพื้นที่รับผิดชอบของตน ปัจจุบัน (พ.ศ. ๒๕๖๕) มีจำนวนทั้งสิ้น ๓๕ ศูนย์ฯ แบ่งเป็น ๑๐ วิทยาเขต ๒๓ วิทยาลัย และ ๑ หน่วยวิทยบริการ ดังนี้
